为了防止出现意外情况，日军还使用了大量的燃烧弹，对春季相对比较干燥的森林密集投放，逼迫山城政府不得不将大量的人力物力用于扑灭山火而不是恢复交通。

臭名昭着的731部队也再次粉墨登场，他们开始对大后方的河流，湖泊投放病毒，鼠疫、霍乱、炭疽、疟疾，各种细菌开始扩散，虽然不会马上肆虐，可若是不及时处理的话，一定会造成巨大的损失，在这种情况下，山城政府根本就不敢调动细菌污染区的部队，也不敢让部队经过细菌污染区。

即便是这样的小心翼翼，第六战区还是爆发了疟疾，短短数日，感染者已经超过五万人，就连胡寿山都不幸中招，不得不让人用担架抬着指挥作战，甚是悲壮。

3月17日，日军第六师团攻取云阳，第六战区主力不得不抛弃野战医院里的上万病号向后方撤去，而日军自然也不会管这些被遗弃的病号，在阿南惟几中将的授意下，日军第六师团对城内野战医院的病号实施有组织的屠杀，我军广大官兵为日军的兽行激怒，一时间士气大振。

可是第六战区部分中高级军官却是被日军吓到了，在胡寿山向后转运病号的时候，不少军官混进了病号的队伍里逃离万县，在此情况下，广大基层官兵好不容易鼓起的血勇之气也荡然无存。

3月19日，山本部队的一支渗透小队进入万县，使用150毫米短迫击炮炮击了我第六战区司令部，虽然没有造成太大的人员伤亡，可也短时间阻断了司令部和下属部队的通讯。

在司令部遭到攻击，通讯断绝的情况下，万县周围的部队不免人心浮动，恰在这个时候，日军一支由数百辆坦克组成的庞大攻击群出现在万县城外，还没等到日军装甲部队发起进攻，就有一支国军部队掉头就跑。

有了第一支，就有第二支，第三支，一开始还只是营团规模的部队，可很快的便有军师一级的部队临阵脱逃，很快的，万县周边的十几万国军部队就都被卷了进去。

日军自然是不会放弃这样的机会，也不等待后续部队了，装甲部队顺着万县往忠县的公路就追了过去，一直到油箱里的最后一滴汽油耗尽，这才依依不舍地追击的脚步。

等被乱军裹胁到忠县的胡寿山清点部队时，他才绝望地发现，手里只剩下了五万多简直打乱，重武器和物资全部丢弃的部队，这点部队不要说挡住第十一军了，就是鬼子的先头坦克群他都挡不住。

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