杨广派去调查的人并没有搜罗到任何鱼俱罗要造反的证据，不过杨广并没有为此放心，因为鱼俱罗相貌异于常人，两眼各有两个瞳孔，这是帝王之相，所以杨广一直都对鱼俱罗怀有猜忌之心。

于是杨广直接下诏罢免鱼俱罗的官职，将他抓到洛阳，让大理寺司直梁敬真审问。

梁敬真也是位能揣摩上意的人，不然杨广也不会点名让他办理这件案子了，他立即给鱼俱罗安上了几条罪名，结案上报。

于是，鱼俱罗这位隋朝的一代名将，没有死在战场上，被斩杀在洛阳街市之中，不多的家财被没收了，妻儿也在几天后被处死。

直到大业十年，杨广开始北上涿郡的时候，他又下诏招吐万绪前去听令，吐万绪觉得自己这一去便会步鱼俱罗的后尘，所以忧惧郁愤，走到半路的时候便去世了。

刘元进在得知自己的两大宿敌双双身死之后，大喊天要亡隋，之后领兵四处出击，江南之地于是再次震动，就连杨广最喜的江都也陷入不安。

于是杨广只好让江都郡丞王世充征发淮南兵四万，讨伐刘元进。

王世充，字行满，本姓支，是西域的胡人，祖父支颓时迁居到了新丰，但年纪轻轻就死了，留下年轻的娇妻与幼子支收，后来支颓娇妻与仪同王粲野合，并生下一子王琼，因此王粲纳之为小妻，支收也随母到了王家，因而改姓王。

王粲对王支视若亲子，尽心教育，王支因而能在成人后步入官场，在隋文帝时官至怀、汴二州长史。

因而，王世充也算是长于官宦之家，从小喜看书传，其中尤好兵书，后以军功拜为兵部员外郎，累迁至江都郡丞，又以郡丞兼任江都宫监。

江都是杨广最喜欢待的地方，自从他登基后，每年都要巡幸江都，少则待一两个月，多则超过半年，王世充在这期间，利用职务之便，对杨广阿谀奉旨，极力巴结，因而很得杨广信任。

王世充在得到杨广诏令后，立即率军渡江，多次与刘元进交战，刘元进以为他王世充并没有打仗的本事，所以对他很轻视。

然而，刘元进很快便为他的这种想法付出了沉重的代价，他们两军自从大业十年三月份开始交战以来，刘元进便屡次被王世充打得大败。

王世充在与刘元进硬碰硬的交锋的同时，还派人四处散播朝廷不再加重劳役、不再让江南兵征辽等信息，这使得投奔刘元进的人越来越少，刘元进再也不能像以前那样即使战败，仍能一呼百应。

最后，刘元进、朱燮等人在吴县再一次被王世充大败，并且全部战死在了战场，其余的部众或是投降或是溃散，为时半年有余的叛乱终于被平定。

王世充召来先投降的人在通玄寺的佛象前焚香为誓，约定降者不杀。

刘元进溃散部众开始想入海为盗，听到这个消息，一个月内，基本都投降了王世充，但王世充最后却把这些人全都坑杀在黄亭涧，死者达三万余人。

因此，其余的人又相聚为盗，官军无法讨伐，直至隋朝灭亡。