直政的意外阵亡让织田信长暴跳如雷，他立刻催动全军进行猛攻。雨秋平本想故技重施，用他那简单粗暴的慢吞吞破城法来打下南门，却被织田信长痛骂一顿后给撤下了前线，安排了一大批勇猛善战的武士率军攻城。

然而，一向宗信徒的狂热和顽强远超织田军的想象。他们在城头用血肉之躯抵达织田家的进攻，时常有重伤的一向宗信徒不管不顾地抱着织田家的士兵跳下城去同归于尽，战况十分惨烈。

不过，织田信长这次似乎铁了心要把石山御坊给打下来了，对石山御坊的各个城砦和城墙段发动了孤注一掷的猛攻。在织田军的狂攻下，本愿寺眼看着要陷入颓势，一座座城砦被拔除，城头也被织田家反复攻占。虽然到了夜晚，本愿寺家就会对城墙上的织田家进行猛攻，把织田家给打下城去。可是到了第二天，卷土重来的织田家也会把这一段城墙给抢下来。织田家甚至开始破坏城垛，以便于己方第二天的攻城行为。

然而，就在这关键的时刻，海上却传来了糟糕的消息本愿寺家的援军到了。不是别人，正是毛利水军和三好水军的联军，浩浩荡荡一千四百多艘船只在淡路附近回合后，就朝着石山御坊开来。九鬼

嘉隆的两百余艘小船在三好家庞大的舰队面前，弱小的就仿佛大象面前的蚂蚁一样。然而，这一次九鬼嘉隆可没办法避战了，因为织田信长给他下了死命令顶住！

织田信长此刻已经杀红了眼，眼看着坚如磐石的石山城终于被他啃下了一块肉，让他现在收兵离开实在是无法接受。他想要九鬼嘉隆顶住三好家和毛利家的水军几天，为他夺下石山城创造机会。只要石山城拿下了，那么三好家和毛利家的水军再强也拿这座坚城无可奈何。

不过，援军的抵达显然鼓舞了本愿寺家的士气，他们抵抗得更为顽强，织田家在数千把铁炮接连不断的射击下死伤惨重。而九鬼嘉隆在三好-毛利联军面前，居然连一天都没撑住，几乎寸板不回。

随着三好-毛利联军在石山城西边的滩涂登陆，本愿寺立刻打开西城门迎接援军入城。三好-毛利援军携带着数目更加客观的铁炮入城，生力军的抵达给了筋疲力尽的织田军当头一击，被直接赶出城去。

织田家连续强攻半个月，士气已经损耗殆尽，众人都劝织田信长趁早退军。可是织田信长此刻已经下不来台，不愿意轻易认输，而是再次发动了一次全线猛攻。然而，此刻石山城内，联军拥有的铁炮数量将近上万。强劲的火力配上石山城的铜墙铁壁，织田家的最后一次进攻付出了无比惨重的伤亡。而与此同时，位于丹波和丹后的波多野家和一色家也再次起兵，意图进攻若狭和京都，织田信长不得不黯然退兵。

这一仗，使得近来势头正旺的织田家不得不重新冷静下来考虑自己的战略。这一次织田信长对本愿寺的进攻，颇有些大意轻敌。似乎觉得自己大军所向，一切抵抗都会化为粉末。他没有多做什么战略上的安排，就草率地进攻石山，招致了大败的结果。

而联军久违的胜利，也鼓舞了第二次织田包围网的士气，不少原本已经臣服织田家的人心思也活络起来。而根据忍者的情报说，东国的武田家似乎想趁着织田家这次大伤元气的机会，再次率军上洛，进攻德川家。织田信长不得不率领主力返回美浓，随时提防武田军的动向。

在这样的状况下，心高气傲的织田信长也不得不认怂，停止了对石山御坊这座硬骨头的进攻，而是授意佐久间信盛继续压制本愿寺即可。不过，位于近畿西端的石山御坊战略位置重要，还有极为重要的政治意义和宗教意味，终归是织田家的心腹大患，非打不可。织田信长为了给再次进攻石山御坊铺路，决定先把本愿寺家这次的帮手一一铲除掉。

于是，雨秋平被授意进攻河内和泉南边的纪伊，铲除杂贺众和根来众等信奉一向宗的纪伊国人众。同时，他还被要求加紧建造水军，和三好-毛利水军一较高下。而明智光秀，则被要求攻略丹波和丹后，铲除织田家在进攻石山御坊时侧翼的威胁。羽柴秀吉和荒木村重被命令去攻略播磨，拿下三好家在本州岛上最后的根据地，把他们彻底赶回四国去。