两宫太后速召众军机议商。

军机大臣沈桂芬道：启禀皇太后，启禀皇上，微臣以为，劳师海上，易损国威。琉球，弹丸一弹丸耳！贡献不足以益我之府库也，人民不足以供我之役使也，版宇不足以卫我之藩篱也！

领班军机大臣、恭亲王奕訢道：启禀皇太后，启禀皇上，奴才以为，若任琉球废灭而不问，如国体何？如众论何？

慈禧太后道：此事非同小可，速著各省督抚将军，悉心协议倭人废琉球设郡县一事，限于月内覆奏；著直隶总督李鸿章，速即来京陛见。

督办南洋海防兼理各国事务大臣丁日昌接旨，速即奏曰：琉球乃海外一弹丸耳，贡献不足以益我之府库也，人民不足以供我之役使也，版宇不足以卫我之藩篱也，徒以前代以来相沿朝贡，是以仍听其载在职方，羁縻勿绝，并非该岛于我国有诩戴之劳，我国家于该岛有拱卫之助也。

微臣以为，倭国甘冒灭小之名，此动机不在于琉球，其不过欲借机与我开衅耳。我于海防尚未筹办周备之前，似宜一意主和，内则迅筹战备，外则虚与委蛇，不可存忽战忽和之见。

4月中旬，直隶总督李鸿章入京觐见。

慈禧太后道：琉球国之事，当如何处置？

李鸿章道：启禀皇太后，启禀皇上，惜我无铁甲船，但有二铁甲，闯入琉球，倭必自退。

慈禧太后一声叹息，迅下谕旨：琉球外属中国，倭国竟敢阻其入贡，夷为郡县，狡焉思逞，情殊叵测。亟应妥为备豫，力图自强，以固藩篱。著沈葆桢、吴元柄将南洋防守事宜悉心区画，实力筹办，固不可稍涉张皇，亦不得稍存大意。并著随时探明该国情形，密速具奏。